剧情回顾：柯南、灰原和少年侦探团，坐阿立博士车去野外露营。
途中阿立博士因没有带饭盒，于是和柯南离开到附近超市购买。而另一边少年团在捡柴火时，遇到一位正在挖坑埋尸体的黑衣人，被黑衣人发现并被追杀。被追杀途中，灰原打电话报警。
少年侦探团和灰原，躲到林间小木屋里。不曾想，小木屋就是黑衣人作案现场，木屋里留有一把斧头和两个背包。黑衣人用锁把木屋锁住，并且用火点燃木屋，想烧死他们。由于是这里经常有人野营，露天烧烤，所以燃烧木屋所冒出的浓烟没有人在意。
案件推理开始，回到挖洞埋尸现场
首先判断死者身份：柯南通过死者膝盖有伤痕，和头发推断出死者身份是幼稚园老师（①日本幼稚园老师为了跟小朋友的视线持平，常常会跪在地上，所以膝盖会有印子。运动员膝盖、肘部和手上会有印子。经常正坐的人，小腿和脚背上也会有印子。②一个长直发的女性，若常扎着双马尾外出散步，头发两侧就会十分蓬松，后脑的发际线就有明显的日晒痕迹。）
接着，警察找到三个单独在树林间的嫌疑犯。三人从左到右：大学生岩畏、摄影师宇佐木、自由职业者米住。
嫌疑人推理第一步：三人到这里的目的理由很充分，大学生为了拍照，摄影师为了拍摄景色，米住为了探测营地。
第二步：脚印，案发现场留下的脚印大小为26公分，三人也都是26公分。
第三步：左撇子，右撇子。死者背部被斧头砍伤痕迹，是由右上方到左下方。还有案发现场留下的脚印顺序，左脚印在前方，右脚印在后方（左撇子挖洞时，左手拿铁锹，所以左脚在前，右脚在后）。所以判断凶手是个右撇子。岩畏和米住是左撇子，宇佐木是右撇子。
第四步：宇佐木嫌疑大大增加，最后通过死者留下的手印，通过灯光照射显示出来的是兔子形状。在日语中兔子的发音和宇佐木相同。其次，罪犯身上有血迹，带回警察局查验可以追查出来。所以最后宇佐木承认自己就是凶手。
最后的真相就是，宇佐木和女朋友来林间野营，女朋友为了治好宇佐木的幽闭恐惧症，想出和他一起睡在小木屋里来克服症状。没想到宇佐木反应强烈，直接在黑暗中用斧头砍死她。最后她（幼儿园老师）留下的手势，也并不是为了说明谁是杀人凶手，而是在死后拥抱着他。
最后灰原和小侦探团逃出来的原因就是。灰原吃了解毒药，让自己长大，最后穿着屋里背包里的衣服，用斧头砍断铁锁出来了。