1.因素不同：恐惧症有家族遗传倾向，尤其影响女性亲属。双生子的研究结果也表明，恐惧可能与遗传有关，与惊恐障碍有一定联系。女性在怀孕期间可能会因麻疹或风疹而损害胎儿的大脑发育，可能会引发自闭症。此外，代谢性疾病还会引起脑细胞功能障碍，影响脑神经传递信息的功能。最终造成自闭症。
2.性质不同：自闭症是一个医学术语，被归类为神经系统紊乱导致的发育障碍。社交恐惧症是恐惧症的一个亚型。恐惧症最初被称为恐怖神经症，是神经症的一种。
3.表现不同：发作的恐惧常伴有明显的焦虑和自主神经症状。患者因恐惧而试图回避客观事物或情境，或带着恐惧去忍受，影响其正常生存。自闭症包括异常的社交能力、交流能力、兴趣和行为模式。