恐惧症

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TUhjnbcbe - 2021/2/8 19:24:00
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今天给大家带来的是MOF-结构的绘制,如下图所示。

该MOF结构是由金属Zr离子和均苯三甲酸分子配位形成,所用的cif文件是从“Wateradsorptioninporousmetal-organicframeworksandrelatedmaterials”一文的SupportingInformation中下载得到。(jaa_si_.cif)

直接用Diamond打开后,显示的UnitCell是下面这样的。简直就是密集恐惧症的克星。

但实际上有很多原子是多余的,可以直接在cif文件中删除。下图红框中标出的都可以删除。

再次打开就会显得清爽许多——

本例用到的基本操作包括CoordinationSpheres进行结构扩展,多面体、Dummy的创建等。另外还有一个技巧就是,面对数量众多的原子,我们可以用Filter来筛选特定的原子对结构进行编辑。比如这里的Zr原子。

视图左下角的就是开启了Filter的标志。另外结合多面体有助于对空间结构的观察,这是一点个人经验,仅供参考。

具体的操作请见下面视频教程:

本系列视频全部免费,如果喜欢的话可以点个“在看”。本期视频到此结束,我们下期再见!

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